今からおよそ１１００年前の寛平６年（８９４）、一畑寺の麓、日本海岸の坂村に与市という漁師がいた。
盲目の母親と二人暮らしであった与市は、ある日何気ないことから金色に輝く薬師如来を海中より引き上げた。この後、与市の家には不思議なことが相次いで起こり、夢に薬師如来のお告げを受ける。

与市は、母親の眼病を治すために、千把の藁を身にまとい、近くの百丈が滝から飛び降りてお告げを実行しようとする。村人はこれをなだめ、母親もこれを聞き、何とか思いとどめさせようと無我夢中で走り出す。果たして与市は飛び降り、千把の藁はバラバラになって転げ落ちていった。気がついてみると、大きな石の上に安座した与市の体に怪我はなく、我が子の身を案じて駆け寄った母親の目はしっかりと開いていた。
　
その後、与市は、目の前が開けたこの地を選び、四間四面のお堂を建てて如来をご安置し、自らは比叡山に上り出家をして名を補然と改めた。寺はもともと医王子と称し、天台宗だったが、正中年間、禅風と共に臨済宗に変わり、一畑寺と改名した。以来、疫病平癒の勅命を頂いたり、尼子、毛利、京極、堀尾、松平と代々のこの地の大名から寺領を受け、加護も賜った。ゆかりの品々も多く、寺宝として今日に伝えられている。長い歴史を通じて、お薬師さまの御利益を信仰する沢山の人々の力によって守り伝えられた信仰の寺である。